Mengintip Aplikasi Kimia di Ubuntu

Kembali otak-atik Ubuntu Linux. Fokusnya adalah optimalisasi kemampuan ubuntu untuk pengajaran kimia dan ilmu kimia sendiri. Dari list synatic package manager (SPM) ubuntu cukup banyak aplikasi terkait kimia yang memungkinkan digunakan dalam mendukung pembelajaran kimia di sekolah.
Beberapa deskripsi aplikasi-aplikasi tersebut sebagai berikut:

Xdrawchem (Chemical structures and reactions editor)
Xdrawchem adalah editor 2D untuk struktur dan reaksi kimia. Kemampuannya merupakan bayangan program komersial ChemDraw, terutama untuk 2D-nya.

GChempaint (2D chemical structures editor for the GNOME2 desktop)
GChempait adalah aplikasi yg mirip dengan Xdrawchem, namun ditambah dengan kemampuannya membuat dokumen dengan berbagai interface. Gambar berbagai molekul hasil GChempaint ini dapat disearch pada NIST Webbook and PubChem.

Lagi… Flash untuk Pengajaran Kimia dll

Sedikit tutorial dari apa yg saya tahu. Dari berbagai website untuk dimanfaatkan dalam pengajaran kimia salah satunya adalah dari http://bio-alive.com/tutorials/chemistry.htm.

1. Download file swf dari tiap topik yg diperlukan. Cara termudah adalah dengan menggunakan browser mozilla firefox. Begitu link dari web tersebut terbuka dengan klik masing-masing link, pada menu firefox klik >> Tools >> pilih Page Info, pindahkan ke tabs “Media”, selanjutnya akan ditampilkan berbagai link file yg ada pada halaman web itu, klik link yg pada bagian akhirnya tertulis *.swf (inilah file flash yg dimaksud), >> Klik tombol Save As.. untuk mendownloadnya. Tunggu proses download hingga selesai (Ingatlah dimana file tersebut anda simpan… biar gak repot nyari nantinya).

Abstrak Penelitian Simulasi Dinamika Molekuler Sc(I) dalam NH3

SIMULASI DINAMIKA MOLEKULER
SKANDIUM(I) DI DALAM AMONIA CAIR DENGAN METODE
AB INITIO MEKANIKA KUANTUM/MEKANIKA MOLEKULER

U  R I P
07/261387/PPA/2384

Pembimbing: Dr.rer.nat. Ria Armunanto, Prof. Dr. Bambang Setiaji

Diujikan pada 23 Juni 2009 (14.30-16.30 WIB)

INTISARI

Studi sifat struktur ion Sc+ dalam amonia cair telah dilakukan dengan menggunakan simulasi dinamika molekuler (DM) dengan metode mekanika kuantum/mekanika molekuler (MK/MM). Kulit solvasi pertama dihitung dengan metode ab initio mekanika kuantum pada level Restricted Hartree–Fock (RHF) menggunakan basis set double-ζ valence plus double polarization (DZVP2) untuk Sc+ dan Dunning double-ζ plus polarization (DZP) untuk amonia. Solvasi di luar wilayah kulit pertama dihitung dengan metode mekanika molekuler. Struktur solvasi ion Sc+ dalam amonia cair dikarakterisasi menggunakan data RDF, CND, dan ADF yang diperoleh dari file trajektori.

Simulasi DM dengan metode ab initio MK/MM menunjukkan bahwa struktur solvasi kulit pertama Sc(I) dalam amonia cair telah dapat diamati, sedangkan solvasi kulit kedua berdasarkan puncak RDF Sc-N tidak terbentuk. Pada solvasi kulit pertama terjadi berbagai spesies kompleks Sc(NH3)n+ di mana n mulai dari 1 hingga 7 dengan occurrance paling tinggi adalah Sc(NH3)3+ (37,50%). Dengan banyaknya ragam spesies kompleks mengindikasikan bahwa solvasi kulit pertama bersifat fleksibel (tidak rigid) akibat terjadinya “structure breaking effect”.

Kata kunci: simulasi dinamika molekuler, skandium(I), amonia cair, ab initio MK/MM, solvasi

Spesial terimakasih kepada:

- Kedua pembimbingKU+penguji dan penguji (Prof Mudasir & Dr Eko Sri Kunarti)

- Rekan di lab komputasi AIC Jurusan Kimia UGM (P.Kasmui,  P.Ponco, P Yahmin, P. I Wayan Sutapa, Marsel, Mirta, Destin, Kang MasKUR) Ohya Pak Joko yg paling setia menemani dari kejauhan.

- Teman Sejawat S2 Jurusan Kimia 2007-2009 (kang Padi, kang Topik, dik Heri, Om Rohmat, kang Kukuh, daB Zamhari, saudara Sampe Logo, ustadz Basri, Kang Mas, Cak Kun, kang Har, kang Muklis, Abang I’amSorry, bu Dwi, mbak Tri-ni, yu Catur, nona Yeha, mbak Dina, bu Asih, yu Maryam Oka, Uni Ye’em, diajeng Utami, dik H-Anum tanpa an, pak… eh bu Misbah, bu Dar, bu Suseee, Yes…No…Sita dan Mas-Nely berwarni)…  Alhamdulillah.

-Semua anggota keluarga di Kotabaru serta anak dan istri yg mengijinkanku “belajar” lagi.

Pembelajaran Kimia via Linux

Software dari Linux4Chemistry

Dari sekian banyak software untuk pembelajaran kimia mulai dari simulasi/peragaan kegiatan lab hingga detail suatu teori ilmu kimia yang banyak bertebaran di jagad maya, Linux4Chemistry adalah salah satunya. Meski demikian dari tautan yang tersedia beberapa di antaranya ada tersedia software yang bisa dijalankan dengan OS windows.

Kita bisa mencari software mulai dari yang open source, freeware, hingga yang komersial, disesuaikan keperluan dan kemampuan untuk membayar. Dua yang pertama adalah pilihan yang sangat cocok dengan kantong kebanyakan orang Indonesia.

Kontennya mulai dari yang sederhana (sekedar menggambar struktur kimia) hingga yang kompleks (misalnya simulasi dinamika molekuler dengan QM/MM).

Ok ini sekedar informasi, selamat berselancar di dunia kimia dalam linux.

XMGRACE – Membuat Grafik Skala Axis Berbeda

Kenali dan gauli, agar lebih akrab, tulis agar tidak lupa dengan harapan dapat memberi manfaat lebih untuk orang lain. Seperti itulah kebanyakkan isi posting di blog saya ini.

Untuk keperluan interpretasi data perlu tampilan berupa grafik. Banyak aplikasi yang bisa digunakan. Salah satu yg saya kenal adalah XMGRACE. Aplikasi ini berjalan di bawah operating sistem Linux, yg saya pakai saat ini adalah opensuse 11.1. Bisa juga di pasang pada distro linux yg lain.

Pemenang Hadiah IUPAC 2009 untuk Kimiawan Muda

Kapan giliran ilmuwan kimia muda dari Indonesia ya?

IUPAC telah mengumumkan melalui press release-nya (3 April 2009) siapa-siapa saja pemenang hadiah IUPAC 2009 bagi kimiawan muda. Mereka adalah:

Dr. Faisal A. Aldaye (McGill University, Montréal, Canada): Supramolecular DNA nanotechnology: Discrete nanoparticle organization, three dimensional DNA construction, and molecule-mediated DNA self-assembly

IUPAC – Kiblatnya Peristilahan Ilmu Kimia

Bagi siapa saja yang pernah belajar kimia pasti pernah dengar kata IUPAC. Yah IUPAC (International Union of Pure and Applied Chemistry) suatu organisasi internasional yang mengurusi satuan dan istilah untuk ilmu kimia murni dan terapannya. Jika kita sulit untuk mencari istilah-istilah kimia dan satuan terkait dengan ilmu kimia maka referensi utama mesti ke IUPAC.

Untuk mencari istilah kimia telah tersedia secara online di situsnya IUPAC.ORG. Lewat buku emas IUPAC (IUPAC Gold Book) -  IUPAC Compendium of Chemical Terminology, kita bisa menyusuri istilah berdasarkan abjad. So pasti tidak dalam bahasa Indonesia , no problem khan?!

Mau coba klik aja link berikut IUPAC Gold Book, dari istilah yang kita cari kita juga bisa download format file PDF-nya. Sulit atau tidak bisa memahami-nya manfaatkan saja penterjemah online google.

Selanjutnya dari istilah yang kita cari kita juga akan disuguhi skema atau peta istilah itu dalam khasanah ilmu kimia pastinya.

Beberapa Proceeding & Poster Presentasi dari NIC

Yang terbuang sayang … tentang kimia komputasi

Modern Methods and Algorithms of Quantum Chemistry
Proceedings, Second Edition and Poster Presentations

Ini adalah hasil browsing dini hari, tadinya berniat mencari artikel atau bahasan tentang kimia komputasi Hybrid QM/MM eh ketemu lagi tautan yang dulu pernah saya sambangi. Berharap agar link tidak segera sirna maka saya salin di blog ini agar bermanfaat buat siapa saja (kalau perlu download aja semua ). Sebab dengan ditempel di blog wordpress ini  dengan kehebatannya akan lebih mudah terkenali dari search engine nomor satu ini (Google) atau yg lain.

Berikut link untuk download materi atau proceeding dan poster presentasi dari John von Neuwman Institut fur Computing.

Koefisien dalam Kimia

Dalam pelajaran matematika koefisien adalah angka yang terletak di depan dari suatu variabel. Dalam kimia bilangan koefisien itu memiliki arti lebih dari itu. Bisa saja diartikan sebagai jumlah molekul, atau atom atau partikel lain. Seperti dalam persamaan reaksi berikut:

CH₄ + 2O₂ → CO₂ + 2H₂O

Gentoo dan Aplikasi Sains di Dalamnya

Beberapa bulan terakhir sering berkutat dengan penggunaan software kimia. Fokusnya adalah untuk simulasi dan terkait visualisasinya. Dan yang terlengkap adalah aplikasi di bawah naungan Gentoo linux. Kita bisa memanfaatkannya untuk penelitian dan pembelajaran sains sehingga menjadi lebih menarik buat siswa. Semoga…