Mengintip Aplikasi Kimia di Ubuntu

Kembali otak-atik Ubuntu Linux. Fokusnya adalah optimalisasi kemampuan ubuntu untuk pengajaran kimia dan ilmu kimia sendiri. Dari list synatic package manager (SPM) ubuntu cukup banyak aplikasi terkait kimia yang memungkinkan digunakan dalam mendukung pembelajaran kimia di sekolah.
Beberapa deskripsi aplikasi-aplikasi tersebut sebagai berikut:

Xdrawchem (Chemical structures and reactions editor)
Xdrawchem adalah editor 2D untuk struktur dan reaksi kimia. Kemampuannya merupakan bayangan program komersial ChemDraw, terutama untuk 2D-nya.

GChempaint (2D chemical structures editor for the GNOME2 desktop)
GChempait adalah aplikasi yg mirip dengan Xdrawchem, namun ditambah dengan kemampuannya membuat dokumen dengan berbagai interface. Gambar berbagai molekul hasil GChempaint ini dapat disearch pada NIST Webbook and PubChem.

Abstrak Penelitian Simulasi Dinamika Molekuler Sc(I) dalam NH3

SIMULASI DINAMIKA MOLEKULER
SKANDIUM(I) DI DALAM AMONIA CAIR DENGAN METODE
AB INITIO MEKANIKA KUANTUM/MEKANIKA MOLEKULER

U  R I P
07/261387/PPA/2384

Pembimbing: Dr.rer.nat. Ria Armunanto, Prof. Dr. Bambang Setiaji

Diujikan pada 23 Juni 2009 (14.30-16.30 WIB)

INTISARI

Studi sifat struktur ion Sc+ dalam amonia cair telah dilakukan dengan menggunakan simulasi dinamika molekuler (DM) dengan metode mekanika kuantum/mekanika molekuler (MK/MM). Kulit solvasi pertama dihitung dengan metode ab initio mekanika kuantum pada level Restricted Hartree–Fock (RHF) menggunakan basis set double-ζ valence plus double polarization (DZVP2) untuk Sc+ dan Dunning double-ζ plus polarization (DZP) untuk amonia. Solvasi di luar wilayah kulit pertama dihitung dengan metode mekanika molekuler. Struktur solvasi ion Sc+ dalam amonia cair dikarakterisasi menggunakan data RDF, CND, dan ADF yang diperoleh dari file trajektori.

Simulasi DM dengan metode ab initio MK/MM menunjukkan bahwa struktur solvasi kulit pertama Sc(I) dalam amonia cair telah dapat diamati, sedangkan solvasi kulit kedua berdasarkan puncak RDF Sc-N tidak terbentuk. Pada solvasi kulit pertama terjadi berbagai spesies kompleks Sc(NH3)n+ di mana n mulai dari 1 hingga 7 dengan occurrance paling tinggi adalah Sc(NH3)3+ (37,50%). Dengan banyaknya ragam spesies kompleks mengindikasikan bahwa solvasi kulit pertama bersifat fleksibel (tidak rigid) akibat terjadinya “structure breaking effect”.

Kata kunci: simulasi dinamika molekuler, skandium(I), amonia cair, ab initio MK/MM, solvasi

Spesial terimakasih kepada:

- Kedua pembimbingKU+penguji dan penguji (Prof Mudasir & Dr Eko Sri Kunarti)

- Rekan di lab komputasi AIC Jurusan Kimia UGM (P.Kasmui,  P.Ponco, P Yahmin, P. I Wayan Sutapa, Marsel, Mirta, Destin, Kang MasKUR) Ohya Pak Joko yg paling setia menemani dari kejauhan.

- Teman Sejawat S2 Jurusan Kimia 2007-2009 (kang Padi, kang Topik, dik Heri, Om Rohmat, kang Kukuh, daB Zamhari, saudara Sampe Logo, ustadz Basri, Kang Mas, Cak Kun, kang Har, kang Muklis, Abang I’amSorry, bu Dwi, mbak Tri-ni, yu Catur, nona Yeha, mbak Dina, bu Asih, yu Maryam Oka, Uni Ye’em, diajeng Utami, dik H-Anum tanpa an, pak… eh bu Misbah, bu Dar, bu Suseee, Yes…No…Sita dan Mas-Nely berwarni)…  Alhamdulillah.

-Semua anggota keluarga di Kotabaru serta anak dan istri yg mengijinkanku “belajar” lagi.

Pembelajaran Kimia via Linux

Software dari Linux4Chemistry

Dari sekian banyak software untuk pembelajaran kimia mulai dari simulasi/peragaan kegiatan lab hingga detail suatu teori ilmu kimia yang banyak bertebaran di jagad maya, Linux4Chemistry adalah salah satunya. Meski demikian dari tautan yang tersedia beberapa di antaranya ada tersedia software yang bisa dijalankan dengan OS windows.

Kita bisa mencari software mulai dari yang open source, freeware, hingga yang komersial, disesuaikan keperluan dan kemampuan untuk membayar. Dua yang pertama adalah pilihan yang sangat cocok dengan kantong kebanyakan orang Indonesia.

Kontennya mulai dari yang sederhana (sekedar menggambar struktur kimia) hingga yang kompleks (misalnya simulasi dinamika molekuler dengan QM/MM).

Ok ini sekedar informasi, selamat berselancar di dunia kimia dalam linux.

XMGRACE – Membuat Grafik Skala Axis Berbeda

Kenali dan gauli, agar lebih akrab, tulis agar tidak lupa dengan harapan dapat memberi manfaat lebih untuk orang lain. Seperti itulah kebanyakkan isi posting di blog saya ini.

Untuk keperluan interpretasi data perlu tampilan berupa grafik. Banyak aplikasi yang bisa digunakan. Salah satu yg saya kenal adalah XMGRACE. Aplikasi ini berjalan di bawah operating sistem Linux, yg saya pakai saat ini adalah opensuse 11.1. Bisa juga di pasang pada distro linux yg lain.

Beberapa Proceeding & Poster Presentasi dari NIC

Yang terbuang sayang … tentang kimia komputasi

Modern Methods and Algorithms of Quantum Chemistry
Proceedings, Second Edition and Poster Presentations

Ini adalah hasil browsing dini hari, tadinya berniat mencari artikel atau bahasan tentang kimia komputasi Hybrid QM/MM eh ketemu lagi tautan yang dulu pernah saya sambangi. Berharap agar link tidak segera sirna maka saya salin di blog ini agar bermanfaat buat siapa saja (kalau perlu download aja semua ). Sebab dengan ditempel di blog wordpress ini  dengan kehebatannya akan lebih mudah terkenali dari search engine nomor satu ini (Google) atau yg lain.

Berikut link untuk download materi atau proceeding dan poster presentasi dari John von Neuwman Institut fur Computing.

Gentoo dan Aplikasi Sains di Dalamnya

Beberapa bulan terakhir sering berkutat dengan penggunaan software kimia. Fokusnya adalah untuk simulasi dan terkait visualisasinya. Dan yang terlengkap adalah aplikasi di bawah naungan Gentoo linux. Kita bisa memanfaatkannya untuk penelitian dan pembelajaran sains sehingga menjadi lebih menarik buat siswa. Semoga…

Catatan Kecil dari Program QMMM-MD

QMMM-MD adalah kependekan dari Quantum Mechanics /Molecular Mechanics Molecular Dynamics. Sebuah program yang dijalankan dalam Turbomole atau Gaussian untuk kalkulasi kombinasi QMMM menggunakan dinamika molekuler dengan sampling ensemble NVT.

File inputnya dapat di buat dengan menggunakan kompiler FORTRAN. Outputnya berupa file energi, trajektori, dan kecepatan yang dapat digunakan untuk analisis struktur dan dinamika ion dalam suatu cairan atau larutan. Dengan menggunakan parameter-parameter control tertentu program QMMM-MD ini akan dijalankan. Program lain selanjutnya dapat menghandel perhitungan abinitio lebih lanjut dengan menggunakan file-file output dalam direktori yang disiapkan.

Memanfaatkan Pustaka Media di WP.Com

Untuk tindakan antisipasi untuk hal-hal yg tidak sy inginkan, pagi ini saya upload beberapa grafik terkait hasil penelitian saya sementara ini. Siapapun boleh melihatnya

Penelitian ini membahas hal terkait sifat struktur dan dinamika solvasi ion X dalam cairan Y dengan teknik Simulasi Dinamika Molekuler Mekanika Kuantum – Mekanika Molekuler. Grafik berikut merupakan hasil olahan data dengan menggunakan aplikasi XMGRACE yang berplatform Linux.

Installasi Turbomole dengan TmoleX-nya

Turbomole Paket Program untuk Kalkulasi ab initio Struktur  Elektronik

Untuk kepentingan tertentu dalam komputasi kimia terutama untuk komputasi mekanika kuantum turbomole merupakan paket program yang powerful, dan relatif berjalan lebih cepat dibanding software lain yang bertujuan untuk komputasi yang sama. Demikian pernyataan dari situs resminya. Untuk versi terbaru tubomole 5.9.1 juga dilengkapi dengan GUI (TmoleX) sehingga sedikit memudahkan bagi pengguna pemula.
TURBOMOLE berjalan di LINUX, beberapa varian UNIX, dan Windows dalam mode serial dan parallel. Sementara ini saya menggunakan di linux OpenSuse 11.0.
Bagi kita yang tak berniat untuk membeli, maka kita dapat mendownload versi demo yang berjalan di linux dengan keterbatasan jumlah atom 1-10, 50-60, 110-130 aja.

Memaksimalkan Kapasitas RAM pada Operating System

Beberapa hari terakhir ada rasa penasaran yang mesti segera terobati. Kejadiannya adalah ketika saya merakit seperangkat CPU dengan prosesor intel 4 inti dengan 4 GB memori dan saya pasang OpenSuse 11 untuk dimuati aplikasi kimia komputasi yang hanya jalan di linux. Setelah dilakukan pengecekan memory yang terbaca hanya 3 koma sekian GB saja. Padahal secara fisik memori yang saya gunakan adalah 2 keping memori @ 2 GB.

Saya mengira itu terjadi hanya di linux, ternyata setelah saya install windows xp sp2 kejadiannya sama. Teman saya yang juga baru merakit komputer untuk tujuan running riset kimia komputasi dengan memori sebesar 8 GB juga mengalami hal yang sama. Niat menggunakan RAM sebesar itu adalah agar running aplikasi yang memakan waktu lama bisa terkurangi. Alhasil semua terkendala bahwa memori yang disediakan tak termanfaatkan secara keseluruhan.