Agar Tampilan Struktur Molekul 3 Dimensi Cantik

Dalam menggambarkan struktur molekul pada ChemSketch sangat mudah, tinggal klak-klik sana sini jadi. Tidak perlu memahami komputasi kimia kita bisa menggambarkan molekul, padagal untuk menggambarkan sebuah atom sekalipun agar benar diperlukan pengaturan berbagai parameter terlebih dahulu. Sekedar menampilkan molekul baik 2 dimensi maupun 3 dimensi ChemSketch sudah lebih dari cukup. Namun ada sedikit yang menjadi kurang ketika kita ingin menampilkan secara 3 dimensi dengan menggunakan 3D Viewer bawaannya ChemSketch. Tampilan 3D dari molekul yang kita buat kasar, tidak mulus, kurang smooth.

Tapi dengan banyaknya aplikasi yang saling support, saling dukung, kekurangan pada ChemSketch bisa dieliminir. Caranya?
Nah itu dia, kali ini saya akan menuliskan sedikit tutorial agar tampilan yang kurang cantik pada 3D Viewer-nya ChemSketch bisa dipermak menjadi lebih aduhai, Caranya? 🙂 Yah lanjut saja baca.

Untuk menampilkan bentuk/struktur molekul 3 dimensi, silahkan buat lebih dulu di ChemSketch. Kalau sudah bisa ditampilan dalam 3D Viewer, simpan molekul 3D itu ke dalam format (MDL Molfiles *.mol). Yah ekstensinya adalah mol. Misal kita akan simpan struktur 3D formalin, dan akan kita beri nama formalin3d, akan menjadi “formalin3d.mol”.

Langkah berikutnya. Unduh aplikasi Jmol dari sini. Aplikasi ini tidak perlu diinstall, tetapi komputer yang dipakai harus terinstall program Java Runtime versi 6 ke atas. Jadi unduh dan ekstrak kemudian jalankan file JMol.jar execute. Buka file yang sudah kita simpan dengan ekstension *.mol tadi dengan menggunakan JMol ini.

Berikut perbandingan tampilan molekul formalin menggunakan 3D Viewer dengan menggunakan JMol.

Tampilan formalin dengan 3D Viewer ChemSketch wireframe

Tampilan formalin dengan 3D Viewer ChemSketch Sticks

Tampilan formalin 3D Viewer ChemSketch Balls and Sticks

Tampilan molekul formalin dengan JMol

Tulisan terkait dengan ChemSketch, dan JMol dalam blog ini bisa dibaca:

Demikian semoga bermanfaat, dan selamat mencoba 🙂

Urip.wordpress.com

Iklan