Download Beberapa Molekul dengan File *.pdb dan *.xyz

Sumber gambar: wiki.fysik.dtu.dk/ase2/MMTK

Kepada sesupuh guru kimia komputasi saya di Universitas Gadjah Mada (Prof. Harno DP, Dr. Ria Armunanto, Dr, Iqmal Tahir) dan  temen plus guru saya juga (Pak Kasmui di UNNES, Pak Ponco Iswanto di Unsoed, Pak Yahmin di UNM, Pak Wayan Sutapa di UNPATTI Ambon), mohon koreksi jika ada yang keliru dalam pembahasan setiap tulisan di blog ini yang terkait kimia komputasi.

File pdb (protein data bank) dan xyz adalah file tentang pemodelan molekul yang berupa struktur data koordinat atom-atom dalam molekul secara 3 dimensi (3D) dengan pengarutan parameter tertentu. File ini dapat dibuka dan diedit untuk tujuan tertentu dengan menggunakan beberapa software kimia. Namun kebanyakan untuk aplikasi kimia viewer molekul sudah bisa digunakan untuk menampilkan file-file tersebut. Seperti Hyperchem, ChemSketch (dengan 3D Viewernya) JMol, Rasmol, dan lain-lainnya. Beberapa dari software yang saya sebut sudah sedikit saya tulis tutorialnya.

Tidak sulit untuk mencari molekul-molekul senyawa tertentu apa lagi sudah umum, hanya saja kita sering harus mengunduhnya satu per satu dan banyak klik sana-sini. Kebetulan saya mendapatkan pranala (link) beberapa file pdb dan xyz dari Unical (Università della Calabria) di Italia. Ini memang hanya sekedar memforward apa yang saya dapat, dengan harapan rekan-rekan guru kimia (seperti saya yang masih awam tentang kimia komputasi) mudah untuk belajar lebih lanjut.

Berikut ini adalah salinan file pdb yang terdapat pada web unical.it:

Untuk mengunduh secara keselurahan saya menyarankan menggunakan addons firefox downthemall, atau bisa juga menggunakan IDM (internet download manager). Tinggal kopi link maka semua akan secara otomatis masuk di IDM atau downthemall itu.

Jika kemudian hari tautan yang ada di atas tidak aktif mohon menginformasikan via kotak komentar. Atau kalau kesulitan mengunduhnya say akan batu mengirim via email.

Demikian semoga bermanfaat.

Urip.wordpress.com

3 responses

  1. di sini juga bisa pak 😀 http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do
    kalau saya sih lebih suka pakai suppporting info dari jurnal (kalau ada).

    1. Yup, intinya apa yang kita cari atau kita perlukan ketemu, dari manapun sumbernya, catatan di atas setidaknya bisa memberikan info awal, bahwa ternyata ada yang seperti itu, nah berikutnya teman lain pasti akan penasaran untuk mendapatkan sumber lainnya. Terima kasih telah mampir 🙂