Cara Mudah Menyisip Jmol ke dalam Tulisan di Website atau Blog

Tanpa tahu bagaimana mengatur parameter atau menyeting apapun dibelakang aplikasi Jmol, kita yang hanya ingin menampilkan suatu molekul atau beberapa molekul cukup hanya menggunakan beberapa pengkodean saja seperti yang sedikit saya tulis di sini. Berikut ini cara mudah menyisip JMol ke dalam tulisan kita di website atau blog sendiri yang saya ambil dari Jmol wiki.

Kita dapat menyisip sebuah Jmol applet ke dalam halaman web hanya dengan tag simpel <script> atau <a>. Kita tidak perlu lagi menginstal file-file Jmol di web server. Kita tidak pula perlu membuat file model 3D; ia akan secara otomatis dapat diperoleh dari web server tertentu yang memang menyediakan itu :).

Catatan bahwa ini merupakan penggunaan Jmol secara  mudah yang kompatibel dengan lingkungan di mana kita tidak mengontrol source code lengkap, seperti forum, blog, wiki, sistem manajemen konten CMS, lingkungan e-learning

Ada beberapa alternatif bagaimana cara menampilkan model molekul, pertama kita dapat  memanggil dengan menggunakan id dari PDB (protein data bank), model ini akan diambil dari wwPDB (RCSB), kedua jika kita memanggil dengan menggunakan nama kimia, nama komersial, string SMILES, InChI key, atau nomor registry CAS registry, maka model akan diambil dari CACTVS server (NIH).

Akan saya contohkan bagaimana menggunakan cara-cara itu di sini.

Cara mudah menyisip model molekul dengan Jmol menggunakan ID dari PDB

Misal saya akan menampilkan model molekul fenol dengan sistem pemanggilan id 4-karakter PDB. Saya memastikan diri untuk mengetahui id dari fenol itu apa dari wwPDB (RCSB). Perlu diingat bahwa penyebutan nama molekul harus menggunakan nama aslinya (biasanya berbahasa Inggris). Fenol itu sama dengan phenol, yang dalam RCSB tersebut ber-id IPH. Setelah tahu id-nya maka kita boleh menuliskan script seperti di bawah ini.

<script type="text/javascript" 
src="http://chemapps.stolaf.edu/jmol/jmol.php?model="id-model-molekul-yang-kita-dapat-dari-RCSB"&inline">
</script>

RCSB by urip kalteng

Gantikan “id-model-molekul-yang-kita-dapat-dari-RCSB” yang terletak antara tanda = …. & dengan IPH (id model molekul fenol) karakter seperti yang berikut ini.

<script type="text/javascript" 
src="http://chemapps.stolaf.edu/jmol/jmol.php?model=IPH&inline">
</script>

Tampilan model molekul fenol dan asam asetat:

Cara mudah menyisip model molekul dengan Jmol menggunakan nama kimia

Misal saya akan menampilkan model molekul asam asetat (Acetic acid) secara langsung maka penulisannya adalah

<script type="text/javascript" 
src="http://chemapps.stolaf.edu/jmol/jmol.php?model=aceticacid&inline">
</script>

penamaan_JmolBila pada sebuah nama senyawa terdapat spasi antar kata maka spasinya dihilangkan saja sebagaimana contoh tadi.