Category Archives: Kimia Komputasi

Cara Mudah Membuat Sendiri Gambar Bentuk Molekul

Air dengan PEB 2Membuat gambar (menggambar) bentuk molekul secara sesuai dengan ide sendiri sering menjadi keinginan banyak orang terutama yang berkecimpung dalam bidang yang ada kaitannya dengan kimia. Intinya menuangkan ide sesuai pemahaman. Gambar-gambar bentuk molekul di jagad maya sangat banyak sekali, tinggal ketika nama molekul ditambahi beberapa istilah seperti shape, geomteri, bentuk, struktur atau apapun yang mengarah ke bentuk molekul dijamin ketemu. Hanya saja sering itu tidak pas dengan maunya kita 🙂 . Kadang kita menghendaki mestinya begini atau begitu jadi perlu disesuaikan, tapi kalau gambar itu buatan orang lain tentu tak semudah itu kita mengubahnya. Oleh karena itu dengan sedikit trik kita dapat “sedikit” membuat gambar bentuk molekul tertentu.

Continue reading →

Iklan

Cara Menampilkankan Tool Tersembunyi pada Aplikasi Marvin Sketch (Drawing Mode)

chemaxonMarvin Sketch adalah salah satu aplikasi powerfull yang dapat digunakan sebagai fasilitas mengajar atau membuat teks yang terkait visualisasi atau penggambaran suatu atom, ion, molekul, termasuk ikatan kimia yang terjadi di dalamnya. Siapapun yang berhubungan dengan kimia akan banyak terbantu dengan aplikasi ini. Dengan tampilan sederhana ternyata tersembunyi tool-tool (alat) yang hebat. Sengaja oleh pengembangnya tidak ditampilkan secara lengkap, tujuannya aga end user (pengguna) dapat melakukan customize (penyesuaian sesuai dengan keperluan). Oh ya kalau mau download Marvin Sketch silahkan klik di sini. Jangan lupa beri tanda centang pada “I Accept the License Agreement”. Kalau diperlukan register silakan register dulu, gratis kok.

Continue reading →

Cara Mudah Menyisip Jmol ke dalam Tulisan di Website atau Blog

Tanpa tahu bagaimana mengatur parameter atau menyeting apapun dibelakang aplikasi Jmol, kita yang hanya ingin menampilkan suatu molekul atau beberapa molekul cukup hanya menggunakan beberapa pengkodean saja seperti yang sedikit saya tulis di sini. Berikut ini cara mudah menyisip JMol ke dalam tulisan kita di website atau blog sendiri yang saya ambil dari Jmol wiki.

Kita dapat menyisip sebuah Jmol applet ke dalam halaman web hanya dengan tag simpel <script> atau <a>. Kita tidak perlu lagi menginstal file-file Jmol di web server. Kita tidak pula perlu membuat file model 3D; ia akan secara otomatis dapat diperoleh dari web server tertentu yang memang menyediakan itu :).

Catatan bahwa ini merupakan penggunaan Jmol secara  mudah yang kompatibel dengan lingkungan di mana kita tidak mengontrol source code lengkap, seperti forum, blog, wiki, sistem manajemen konten CMS, lingkungan e-learning

Continue reading →

Menyisip JMol Applet dalam WordPress

jmolJMol applet adalah sebuah applet yang khusus untuk menampilkan strukutr molekul dengan parameter yang telah ditetntukan sebelumnya. Secara visual dengan JMol ini bisa 2 dimensi dan 3 dimensi dengan menampilkan berbagai informasi untuk molekul yang ditayangkan. Ok, tanpa basa-basi ternyata untuk menyisipkan JMol Applet dalam WordPress itu tidak terlalu sulit. Saya mendapati cara untuk melakukan hal itu dari pranala (link) di sini. Contoh sederhananya adalah seperti tayangan berikut ini. Pada mode text (saat menulis di editor) tinggal menuliskan seperti di bawah ini:

Continue reading →

Emanim, Aplikasi untuk Mempelajari Fenomena Gelombang Elektromagetik

Emanim, sebuah aplikasi ringan namun powerfull yang digunakan untuk menjelaskan fenomena gelombang elektromagnetik. Bahasan tentang gelombang elektromagnetik ini biasa dijumpai dalam pelajaran fisika di sma, dan untuk orang yang belajar ilmu kimia bisa dijadikan dasar untuk mempelajari karakteristik suatu zat melalui spekstroskopi.

Jika pada pelajaran ilmu fisika siswa lebih sering hanya dikenalkan tentang sifat-sifat gelombang elektromagnetik hanya melalui cerita, paparan lisan atau tulisan tentu saja ini akan menjadi sulit dimengerti. Walaupun kadang dengan gambar sedikit membantu tetapi tetap saja akan menjadi sulit dipahami karena siswa atau pembelajar dipaksa untuk meng-imajinasi-kan sendiri apa yang ia dengar, ia baca sesuai dengan pemahamannya masing-masing.

Continue reading →

Pemodelan Molekuler dengan Tinker via FFE (Force Field Explorer)

Molekul enkephalin

Ada beberapa aplikasi untuk pemodelan molekuler, beberapa di antaranya sudah sedikit saya tulis di blog ini. Kali ini saya akan melirik sekilas dan menuliskannya di sini tentang Tinker.

Tinker adalah aplikasi pemodelan molekul yang aslinya tanpa GUI (Graphical User Interface). Jadi hanya dengan mengahadapi layar kosong dengan kedipan kursor saja. Bagi kita yang belum familiar tentu akan banyak mengalami kesulitan dalam menggunakannya. Oleh karena itu kini sudah ada yang menyediakan Tinker dengan GUI yang dinamakan Force Field Explorer (FFE). Selama pengembangannya tentu saja dilakukan perbaikan terus menerus dan kita yang menikmati untuk menggunakannya. GUI dari Tinker ini dibangun melalui pemrograman Java, namun dalam paket installernya juga sudah tersedia installer java yang dijanjikan tidak mengganggu kinerja Java yang sudah kita install sebelumnya.

Continue reading →

Download Beberapa Molekul dengan File *.pdb dan *.xyz

Sumber gambar: wiki.fysik.dtu.dk/ase2/MMTK

Kepada sesupuh guru kimia komputasi saya di Universitas Gadjah Mada (Prof. Harno DP, Dr. Ria Armunanto, Dr, Iqmal Tahir) dan  temen plus guru saya juga (Pak Kasmui di UNNES, Pak Ponco Iswanto di Unsoed, Pak Yahmin di UNM, Pak Wayan Sutapa di UNPATTI Ambon), mohon koreksi jika ada yang keliru dalam pembahasan setiap tulisan di blog ini yang terkait kimia komputasi.

File pdb (protein data bank) dan xyz adalah file tentang pemodelan molekul yang berupa struktur data koordinat atom-atom dalam molekul secara 3 dimensi (3D) dengan pengarutan parameter tertentu. File ini dapat dibuka dan diedit untuk tujuan tertentu dengan menggunakan beberapa software kimia. Namun kebanyakan untuk aplikasi kimia viewer molekul sudah bisa digunakan untuk menampilkan file-file tersebut. Seperti Hyperchem, ChemSketch (dengan 3D Viewernya) JMol, Rasmol, dan lain-lainnya. Beberapa dari software yang saya sebut sudah sedikit saya tulis tutorialnya.

Continue reading →

Pengenalan Model Zig-zag dalam Menggambar Struktur Rantai Karbon

Bahasan senyawa karbon di buku-buku kimia sma selama ini masih belum banyak mengenalkan metode penulisan rantai karbon model zig-zag. Setahu saya pada buku kimia kelas 10 terbitan depdiknas (buku sekolah elektronik) hanya 1 buku dari 7 buku yang mengenalkan penulisan model zig-zag pada rantai karbon. Hanya dua buku yang menuliskan rumus struktur senyawa hidro karbon menggunakan software khusus untuk penggambaran rumus struktur kimia. Selebihnya menuliskannya secara manual menggunakan aplikasi olah kata. Bisa dibayangkan betapa melelahkannya melakukan cara manual seperti itu.

Continue reading →

Olex2, Software Kristalografi yang Gratis

Olex2 merupakan hasil proyek open source dan didukung secara luas oleh masyarakat kristalografi untuk memodelkan struktur molekul kecil. Jadi, tentu saja aplikasi ini memang diperuntukkan bagi siapapun yang ingin mempelajari tentang ilmu kristalografi molekul. Program ini dibuat dengan menggunakan C++ Code.  Olex2 ini didisain untuk analisis jaringan struktur yang diperluas. Saat saya menulis ini Olex2 sampai di versi 1.2, diciptakan oleh Oleg Dolomanov dan Horst Puschmann dari Durham University, Inggris. Untuk tampilan antarmuka (GUI) aplikasi Olex2 ini digarap bersama Luc Bourhis bersama dengan Richard Gildea. Aplikasi tersedia untuk sistem operasi windows, linux dan mac.

Continue reading →

Tips Membuat Ikatan Rangkap O=C di ChemSketch

Menggambarkan rumus struktur pada ChemSketch bagi sebagian orang yang menggeluti ilmu kimia tak semudah menggambarkannya dengan alat tulis manual. Padahal teknologi komputer dibuat adalah untuk memudahkan kerja sehingga lebih efektif dan efisien, praktis. Ini adalah soal kebiasaan saja.

Continue reading →

Boraks, Rumus Kimia, Rumus Struktur, dan Cara Menggambarkannya

Boraks di masyarakat sangat terkenal, semenjak banyaknya orang yang menyalahgunakan benda ini pada makanan untuk tujuan pengawetan pada makanan. Bahkan boraks jauh lebih terkenal dibandingkan nama kita :).

Continue reading →

FIDO, Animasi-Simulasi Interaktif Kimia oleh John Pollard dari Arizona

Sebagai sumber acuan pembelajaran kimia siswa sma/ma saya mencoba menambah terus tautan link yang bermanfaat buat semua. Saya pun tidak lupa “menyedot” habis semua link yang tersedia di web itu agar suatu ketika saya bisa berbagi dengan sesama dan tidak perlu lagi online. Entah sudah berapa web yang sudah terunduh secara lengkap, yang jelas andai saya tidak bisa mengoptimalkan saya berharap rekan lain bisa memanfaatkannya sebaik-baiknya.

Continue reading →

Ikatan Hidrogen pada Air di Internet dengan JMol

Bahasan ikatan hidrogen pada pelajaran kimia sma tidak banyak tapi cukup menarik untuk dipaparkan secara visual. Untuk bisa memvisualkan ikatan hidrogen pada molekul-molekul air diperlukan kalkulasi (komputasi) kimia dengan tidak gampang dan asal-asalan. Perlu dilakukan pengaturan parameter agar kondisi dan hasil simulasi secara teoritis menjadi benar.

Di internet ada beberapa pemodelan ikatan hidrogen dalam bentuk video. Karena dalam bentuk video kita tidak memiliki kemampuan untuk mengontrol sepenuhnya tampilan yang ada. Beda kalau visualisasinya menggunakan Jmol yang ter-embedded pada halaman website. Banyak pertimbangan mengapa membuat video semacam itu, misalnya kemampuan memvisualkan (memodelkan) dengan menggunakan software khusus kimia yang kurang memadai atau pertimbangan lain, misalnya hanya sekedar untuk pengajaran kelas rendah dan itu dirasa sudah cukup.

Continue reading →

3D Optimization, Menggambar Struktur Molekul dengan Benar pada ChemSketch

Menggambarkan struktur molekul dengan menggunakan alat tulis seadanya di papan tulis diperlukan paparan yang cukup panjang agar bisa diterima siswa dengan benar. Bentuk 3 dimensi yang dibuat secara manual dengan barang-barang nyata kadang tidak bisa mewakili bentuk molekul yang mendekati kebenaran. Semua itu bisa diselesaikan dengan menggunakan aplikasi khusus, misalnya dengan menggunakan Chemsketch. Aplikasi ini tersedia gratis di situs acdlabs.com. Cukup register untuk dapat mendownloadnya, modal koneksi internet dan punya email :).

Continue reading →

Dosen Kimia Organik Mestinya Memanfaatkan Web ini

Membuat sesuatu sering bukanlah pekerjaan mudah, kecuali membuat masalah 🙂 Memanfaatkan sesuatu itu adalah hal mudah, namun sayang banyak yang melewatkan sesuatu yang mudah itu. Kadang orang kebanyakan terlalu nyaman dengan keadaannya saat ini, dan tidak ingin segera mencoba hal baru.

Suatu ketika saya masih saja mendapati seorang dosen pengajar kimia organik di suatu perguruan tinggi yang masih membanggakan diri dengan sesuatu yang ia bisa lakukan, tanpa mau mencoba hal baru yang sebenarnya jauh lebih mudah dilakukan dan jauh lebih mudah untuk dipahami para pembelajar yang ia ajar. Tanya mengapa? Zona nyaman terlalu sulit untuk ia tinggalkan 🙂

Continue reading →