Bentuk/Geometri Molekul dan Hibridisasi dari Beberapa Senyawa Xenon
Xenon (Xe) dengan oksigen (O) dan atau flor (F) dapat membentuk senyawa dengan berbagai perbandingan jumlah atom. Xe memiliki nomor atom 54 dengan konfigurasi elektron 2 + 8 + 18 + 18 + 8 atau [Kr] 5s2 5p6. Oksigen memiliki nomor atom 8 dengan konfigurasi elektron 2 + 6 atau 1s2 2s2 2p4. Flor dengan nomor atom 9 memiliki konfigurasi elektron 2 + 7 atau 1s2 2s22p5.
Istilah bentuk-geometri-struktur yang digunakan dalam tulisan ini memiliki maksud yang sama. Geometri elektron (struktur yang melibatkan semua elektron yang menempati orbital), geometri molekul (struktur 3 dimensi yang hanya melibatkan elektron berikatan saja tanpa menyertakan pasangan elektron bebas).
Senyawaan Xe yang akan dibahas tentang geometri dan hibridasinya yaitu:
- XeF2
- XeF4
- XeF6
- XeOF4
- XeOF2
- XeO2F2
- XeO3
- XeO4
- XeF5–
Klik link ini untuk mempelajari trik ini.
Pemodelan Molekuler dengan Tinker via FFE (Force Field Explorer)
Molekul enkephalin
Ada beberapa aplikasi untuk pemodelan molekuler, beberapa di antaranya sudah sedikit saya tulis di blog ini. Kali ini saya akan melirik sekilas dan menuliskannya di sini tentang Tinker.
Tinker adalah aplikasi pemodelan molekul yang aslinya tanpa GUI (Graphical User Interface). Jadi hanya dengan mengahadapi layar kosong dengan kedipan kursor saja. Bagi kita yang belum familiar tentu akan banyak mengalami kesulitan dalam menggunakannya. Oleh karena itu kini sudah ada yang menyediakan Tinker dengan GUI yang dinamakan Force Field Explorer (FFE). Selama pengembangannya tentu saja dilakukan perbaikan terus menerus dan kita yang menikmati untuk menggunakannya. GUI dari Tinker ini dibangun melalui pemrograman Java, namun dalam paket installernya juga sudah tersedia installer java yang dijanjikan tidak mengganggu kinerja Java yang sudah kita install sebelumnya.
Download Beberapa Molekul dengan File *.pdb dan *.xyz
Sumber gambar: wiki.fysik.dtu.dk/ase2/MMTK
Kepada sesupuh guru kimia komputasi saya di Universitas Gadjah Mada (Prof. Harno DP, Dr. Ria Armunanto, Dr, Iqmal Tahir) dan temen plus guru saya juga (Pak Kasmui di UNNES, Pak Ponco Iswanto di Unsoed, Pak Yahmin di UNM, Pak Wayan Sutapa di UNPATTI Ambon), mohon koreksi jika ada yang keliru dalam pembahasan setiap tulisan di blog ini yang terkait kimia komputasi.
File pdb (protein data bank) dan xyz adalah file tentang pemodelan molekul yang berupa struktur data koordinat atom-atom dalam molekul secara 3 dimensi (3D) dengan pengarutan parameter tertentu. File ini dapat dibuka dan diedit untuk tujuan tertentu dengan menggunakan beberapa software kimia. Namun kebanyakan untuk aplikasi kimia viewer molekul sudah bisa digunakan untuk menampilkan file-file tersebut. Seperti Hyperchem, ChemSketch (dengan 3D Viewernya) JMol, Rasmol, dan lain-lainnya. Beberapa dari software yang saya sebut sudah sedikit saya tulis tutorialnya.
Olex2, Software Kristalografi yang Gratis
Olex2 merupakan hasil proyek open source dan didukung secara luas oleh masyarakat kristalografi untuk memodelkan struktur molekul kecil. Jadi, tentu saja aplikasi ini memang diperuntukkan bagi siapapun yang ingin mempelajari tentang ilmu kristalografi molekul. Program ini dibuat dengan menggunakan C++ Code. Olex2 ini didisain untuk analisis jaringan struktur yang diperluas. Saat saya menulis ini Olex2 sampai di versi 1.2, diciptakan oleh Oleg Dolomanov dan Horst Puschmann dari Durham University, Inggris. Untuk tampilan antarmuka (GUI) aplikasi Olex2 ini digarap bersama Luc Bourhis bersama dengan Richard Gildea. Aplikasi tersedia untuk sistem operasi windows, linux dan mac.
Agar Tampilan Struktur Molekul 3 Dimensi Cantik
Dalam menggambarkan struktur molekul pada ChemSketch sangat mudah, tinggal klak-klik sana sini jadi. Tidak perlu memahami komputasi kimia kita bisa menggambarkan molekul, padagal untuk menggambarkan sebuah atom sekalipun agar benar diperlukan pengaturan berbagai parameter terlebih dahulu. Sekedar menampilkan molekul baik 2 dimensi maupun 3 dimensi ChemSketch sudah lebih dari cukup. Namun ada sedikit yang menjadi kurang ketika kita ingin menampilkan secara 3 dimensi dengan menggunakan 3D Viewer bawaannya ChemSketch. Tampilan 3D dari molekul yang kita buat kasar, tidak mulus, kurang smooth.
Tips Membuat Ikatan Rangkap O=C di ChemSketch
Menggambarkan rumus struktur pada ChemSketch bagi sebagian orang yang menggeluti ilmu kimia tak semudah menggambarkannya dengan alat tulis manual. Padahal teknologi komputer dibuat adalah untuk memudahkan kerja sehingga lebih efektif dan efisien, praktis. Ini adalah soal kebiasaan saja.
3D Optimization, Menggambar Struktur Molekul dengan Benar pada ChemSketch
Menggambarkan struktur molekul dengan menggunakan alat tulis seadanya di papan tulis diperlukan paparan yang cukup panjang agar bisa diterima siswa dengan benar. Bentuk 3 dimensi yang dibuat secara manual dengan barang-barang nyata kadang tidak bisa mewakili bentuk molekul yang mendekati kebenaran. Semua itu bisa diselesaikan dengan menggunakan aplikasi khusus, misalnya dengan menggunakan Chemsketch. Aplikasi ini tersedia gratis di situs acdlabs.com. Cukup register untuk dapat mendownloadnya, modal koneksi internet dan punya email :).
Visualisasi Atom, Molekul, & Ikatan Kimia yang Benar
Teknologi yang semakin canggih membuat semua yang semula hanya dibayangkan dalam angan-angan bisa digambarkan dengan benar menurut kimia komputasi. Kimia komputasi adalah salah satu cabang ilmu kimia tepatnya kimia teori yang didasarkan fakta nyata dengan mengkombinasi kan matematika, algoritma, dan komputer untuk menghitung sifat suatu spesies (molekul dan lain-lain). Dari hasil itulah maka diperoleh gambaran suatu zat yang “nyata adanya”. Bahkan karakter suatu spesies itu dapat dibuat simulasi pergerakannya berupa animasi (gambar bergerak seperti gambar di samping). Animasi semacam itu bukanlah rekayasa biasa, namun telah melalui tahap optimasi geometri secara komputasi dengan metode tertentu.
Berbagai kesepakatan penamaan dan penggambaran atom, molekul yang dikenal dengan beberapa istilah. Diantaranya wire frame, licorice, ball and stick, sapce filling, solvent excluded surface yang bisa dibuat transparan yang menunjukkan sifat tertentu dari suatu gugus. Meskipun demikian ada dijumpai beberapa software memiliki model yang berbeda. Tentu perlu pemahaman sebelum kita mengadopsi suatu gambar dari suatu software itu.
Blog Urip Guru Kimia 
8 Komentar Terakhir